學校前身是1978年北京市依靠清華大學、北京大學、中國人民大學、北京師范大學等創辦的36所大學分校。1985年，北京聯合大學成立。1987年，北京市衛生職工學院中醫部并入北京聯合大學中醫藥學院。2001年，市教委同意北京聯合大學化學工程學校和北京市化學工業集團職工大學劃轉給北京聯合大學，北京市第一師范學校并入北京聯合大學。2008年，北京市化工學校、北京市醫藥技術學校、北京市醫藥器械學校并入北京聯合大學。
學校有1個主校區（北四環校區）、7個分校區，占地600余畝，總占地面積44.661萬平方米，總建筑面積為53.459萬平方米，教學、科研儀器設備資產總值10.396億元；設有14個二級學院，開設70個本科專業，9個專科招生專業；全校教職工2599人，其中專任教師1463人，全日制在校生18698人。