“211工程”所需建設資金，采取國家、部門、地方和高等學校共同籌集的方式解決。按現行高等教育管理體制，建設資金主要由學校所屬的部門和地方政府籌措安排，中央安排一定的專項資金給予支持，對工程建設起推動、指導和調控作用。
部門和地方政府的專項資金，優先保證國家重點學科、高等教育公共服務體系建設的需要，并安排好有關高等學校上水平所必須的基礎設施建設。中央專項資金主要用于國家重點學科和高等教育公共服務體系的建設，補助少數高等學校整體水平提高所需基礎設施的建設。
“九五”期間，“211工程”在99所高校中實施建設，主要安排了602個重點學科和兩個全國高等教育公共服務體系建設項目。
“十五”期間，“211工程”在107所大學中實施建設，主要安排了821個重點學科和三個全國高等教育公共服務體系建設項目。
到2005年，中國共計75個學科進入了ESI的數據庫中前1%，涉及到21所高校，而這些高校全部都是“211工程”的學校，而且主要集中在材料科學、化學、物理學、工程學和計算機學科，這些學科都是“211工程”的重點建設的學科。
根據ESI所提供的統計結果，清華大學材料學科在1995年到2005年期間發表的SCI論文總數為3677篇，排在世界大學的第二位，這個學科在世界排在第二位。
根據ESI數據統計結果，1995到2005年的“211工程”建設十年當中，北京大學化學學科在SCI發表的論文數是4526篇，列世界大學的第15位，論文引用數是23778位，排在世界大學的第103位。
中南大學發揮有色金屬資源與材料領域長期積淀的學科特色，以先進的有色稀有金屬與粉末有金材料，有色金屬資源快速勘察與可持續發展等“211工程”建設項目為紐帶，然后建成了在地質、采礦、選礦、冶金、材料、機械六大領域，以國家重點學科為支撐，完備的有色金屬材料與資源學科創新體系。
清華大學就面向國家發展的戰略需求，對信息能源、材料等學科進行了布局調整，推進學科群的建設。
南京大學采用學科特區的建設模式，這對某一些學科非常重要，由于高校內部的體制不一定整體上能夠到位，可以在有局部建立一些學科布局，這吸取了中國經濟建設像深圳特區的一些發展和經驗。