2000年，復旦大學與上海醫科大學合并。目前，學校擁有哲學、經濟學、法學、教育學、文學、歷史學、理學、工學、醫學、管理學、藝術學等11個學科門類；2017年，學校入選“雙一流”建設高校名單，確立了27個“雙一流”建設學科，是一所世界知名、國內頂尖的綜合性研究型大學。
學校實力：
在QS世界大學排名中列全球第40位，復旦大學位列國內高校第3位。在學術影響力方面，復旦進入ESI世界前1%的學科領域數19個，位列中國大陸高校第2名（并列），其中，化學、材料科學、臨床醫學、藥理學與毒理學進入全球1‰。
在QS世界學科排名中，復旦有29個學科位列世界前100，總量在國內排名第三；五大學科門類均位居全球前100位，在中國大陸地區僅二所高校躋身此列。
U.S.News世界學科排名中，有4個學科躋身世界前50，THE泰晤士高等教育世界學科排名中，1個學科大類躋身世界前50。在全國第四輪一級學科評估中，5個學科獲評A+，參評的學科中60%以上獲評A類學科。此外有14個學科入選上海市高峰學科建設。