1、南京大學：有南京大學研究生院和南京大學蘇州研究生院。南京大學是我國最早的招收并培養研究生的綜合性大學，前身是國立中央大學和金陵大學。新中國成立以后，南京大學于1954年恢復研究生招生。1978年，南京大學又一次成為全國首批恢復招收研究生的高校之一。
2、南京林業大學：有南京林業大學研究生院。南京林業大學現有碩士學位授權點及授權領域90個，博士學位授權點及授權領域37個，博士學位授權一級學科7個，碩士學位授權一級學科12個，分布在哲學、法學、經濟學、文學、理學、工學、農學、管理學等9個學科門類。
3、南京師范大學：有南京師范大學研究生院。2011年，成立研究生院。南京師范大學是國家“雙一流”建設高校和江蘇高水平大學建設高校。南京師范大學研究生教育起步于20世紀50年代，著名苔蘚專家陳邦杰教授招收了我校歷史上第1名研究生。
4、南京農業大學：有南京農業大學研究生院。2000年6月經教育部批準建立研究生院。南京農業大學的研究生教育具有悠久的歷史，為我國的農業教育、科技、管理和生產做出了重要貢獻。學校前身私立金陵大學農學院和國立中央大學農學院于1936-1945年共招收和培養了65名研究生，占當時全國農科的50%。