實施時間不同：
1999年，國務院批轉教育部《面向21世紀教育振興行動計劃》，“985工程”正式啟動建設。
1995年11月，經國務院批準后211工程正式啟動。
涵蓋大學不同：
985大學都是211大學，但211大學不一定是985大學。如清華大學既是985大學又是211大學，蘇州大學只是211大學而不是985大學。
建設內容不同：
“985工程”建設任務為機制創新、隊伍建設、平臺建設、條件支撐和國際交流與合作等五個方面。
“211工程”建設的主要內容包括學校整體條件、重點學科和高等教育公共服務體系建設三大部分。