上海海關學院前身為創建于1953年的上海海關學校；1980年5月，經國務院批準，升格為上海海關專科學校；1996年4月，原國家教委批準學院更名為上海海關高等專科學校；2007年3月，經教育部批準，設立上海海關學院。2018年5月，學校獲批成為碩士學位授予單位。
截至2020年12月，學校校園占地面積521畝，下設蘇州分校，占地133畝，占地面積312250平方米，教學科研儀器設備總值8853.60萬元；設有8個教學院（系、部），設置10個本科專業，2個碩士專業學位授權點；學校教師總數147人，其中教授19人，在校生總規模為2710人。