第一期第一批9所為（C9）：
1、北京大學
2、清華大學
3、中國科學技術大學
4、南京大學
5、復旦大學
6、上海交通大學
7、西安交通大學
8、浙江大學
9、哈爾濱工業大學
2000年后，985一期工程第二批高校陸續入選簽約，他們分別是：
1、北京理工大學
2、南開大學
3、天津大學
4、東南大學
5、武漢大學
6、華中科技大學
7、吉林大學
8、廈門大學
9、山東大學
10、中國海洋大學
11、湖南大學
12、中南大學
13、大連理工大學
14、北京航空航天大學
15、重慶大學
16、四川大學
17、電子科技大學
18、中山大學
19、華南理工大學
20、蘭州大學
21、西北工業大學
22、東北大學
23、同濟大學
24、北京師范大學
25、中國人民大學
26、中國農業大學
至此，以上35所高校組成了985工程一期建設的正式名單。
二期985大學名單
隨后，在2004年，根據《2003-2007年教育振興行動計劃》，教育部、財政部正式啟動二期建設。985工程二期建設共4所高校入選，他們分別是：
1、國防科學技術大學
2、中央民族大學
3、華東師范大學
4、西北農林科技大學
在2011年，教育部在十一屆全國人大常委會上表示，985工程不再引入新的高校。至此，以上39所學校共同組成了我國高校中的“985工程”。在一段時期內，985工程高校代表了我國高等教育、科學研究領域的最高水平。并且該工程在民間也有極大的影響力，直到今天，該名單仍是高考報名，考研報名的“金指標”，因入學生源質量有保障，985工程名單也是國內外諸多知名企業和機關單位招聘遴選優質畢業生的重要指標。